Bubble Shooter Butterfly is een bubbelspel waarin de speler met een ringschieter vlinders uit bubbels moet bevrijden. De bubbels en vlinders verschijnen in verschillende patronen voor een scène in de buitenlucht die doet denken aan Japanse anime met een berg in de verte, een beekje, een bos en een houten brug op de voorgrond. Elk level bevat steeds moeilijkere uitdagingen en speciale boosters die de speler helpen te winnen.
De speler krijgt een laser met een ronde punt om met de schutter te richten op twee of meer met elkaar verbonden bellen die overeenkomen met het hoofdprojectiel. Als de speler geen overeenkomst kan vinden, kan hij de shooter selecteren om de hoofd- en secundaire projectielen te verwisselen en een andere kleur te proberen. Om de bellen te laten knappen, schieten ze het projectiel op de groep. Als een geknapte bel een vlinder bevat, laat het spel deze los.
Bubble Shooter Butterfly biedt de speler een beperkt aantal projectielen. De speler kan op elk moment in de ring van de shooter bijhouden hoeveel projectielen er nog over zijn. Ze hebben ook niet alleen de standaard projectielen nodig om te winnen. Het spel levert boosters, waaronder een Floral Beam-booster die werkt als een raket die een strook bubbels wegschiet en een Sparkle-booster die bubbels door een hele ruimte laat knallen. Er zijn ook vuurvliegjes die vastzitten in bubbels. Als de speler er een loslaat, laat de vuurvlieg willekeurig bellen knappen.
Naast de punten die de speler verdient met zijn schoten en het aantal overgebleven projectielen aan het einde van een level, wint hij ook tot drie gouden sterren en schatkisten.
