Alien Bubbles is een bubbelschietend arcadespel dat elementen uit het klassieke spel Puzzle Bobble (Bust-a-Move) nabootst. De speler moet voorkomen dat zwevende, ronde buitenaardse hoofden een dinosaurus in de buurt van de schutter of de bodem van het speelveld raken. Als de aliens de bodem van het scherm bereiken, ontploffen ze en nemen ze alles in de buurt met zich mee. Als ze in contact komen met de dinosaurus, verandert deze in as.
Het doel van de speler is om het scherm vrij te maken van alle aliens en punten te verdienen. Het spel bevat een versnellingsschutter met een centraal projectielgebied dat is ontworpen voor een grote pijl. De speler richt een gekleurde pijl op een luchtbel met een bijpassende kleur. In tegenstelling tot sommige shooters hoeft de speler geen connect-line of match-3 manoeuvre uit te voeren. Ze hoeven alleen maar op enkele koppen te schieten met de gekleurde basispijlen van de shooter. Dat gezegd hebbende, ze moeten met precisie schieten. Het spel laat een alien sneller vallen als de speler het hoofd raakt met een pijl van een andere kleur.
Alien Bubbles biedt de speler levels en oneindig speelplezier. Het biedt ook fast-play opties. De speler kan een witte, regenboogkleurige, kristallen pijl powerup gebruiken om door een grote strook niet-gematchte hoofden te prikken. Je kunt ook een pijl met explosieven gebruiken om meerdere niet-gematchte hoofden op te blazen.
Nadat ze alle buitenaardse hoofden hebben verwijderd, voorziet het spel ze van nieuwe achtergronden en uitdagingen.
