Water Sort Puzzle è un gioco di logica e ordinamento. Il giocatore deve spostare strati di bande liquide colorate in provette da laboratorio finché un liquido solido riempie ogni contenitore.
Il giocatore può spostare solo una banda colorata alla volta da una provetta all`altra. Il gioco offre due opzioni di trasferimento. Possono smistare il liquido in un contenitore vuoto o versarlo sopra una banda in un contenitore semi-riempito con una banda superiore dello stesso colore. Il giocatore può trasferire i colori corrispondenti solo in provette che contengono già del liquido.
Water Sort Puzzle permette al giocatore di annullare una mossa fino a cinque volte per livello. A differenza di altri giochi simili, non penalizza il giocatore né lo costringe a guardare una pubblicità . Inoltre, se il giocatore si blocca e finisce le mosse, può ricaricare completamente il livello. In alcuni livelli è anche possibile aggiungere gratuitamente una provetta vuota in più al campo di gioco.
Il gioco non premia il giocatore finché non ha separato tutte le bande di liquido in singoli contenitori di colore solido. Quando ciò avviene, sullo schermo compaiono brevemente delle particelle di coriandoli.
