Hole Run 3D è un gioco di corsa ipercasuale e tridimensionale che si avvicina in modo unico alle classiche meccaniche di rottura dei mattoni. Il gioco presenta una buca magica e vorticosa davanti a una palla a strisce rosse e bianche che rotola automaticamente lungo una pista blu, rosa e viola sospesa su uno sfondo arancione sfumato. A differenza dei giochi di corsa tradizionali, il giocatore non dirige il movimento della palla. Al contrario, il giocatore regola la posizione della buca. Deve usare strategie creative per spostarla in modo da creare un percorso migliore sulla pista attraverso blocchi gialli e arancioni di forme diverse. L`aria, la gravità o altre forze generate dal movimento vorticoso dell`interno risucchiano rapidamente i blocchi nella buca, il che significa che il giocatore deve solo pensare alla posizione di ogni blocco e alla rotazione della forza. Se non riesce in questo compito, la palla si rompe come un pezzo di porcellana in frantumi. I pezzi rotti mostrano il disegno della palla all`esterno e un colore rosso solido all`interno.
Hole Run 3D offre al giocatore la possibilità di modificare l`aspetto della palla. I giocatori ricevono punti sotto forma di diamanti bianchi. I diamanti possono essere utilizzati per acquistare altre skin, tra cui un`anguria o un`arancia e una palla di neve bianca.