Bubble Shooter Butterfly est un jeu de bulles qui demande au joueur de libérer des papillons à partir de bulles à l`aide d`un lanceur d`anneaux. Les bulles et les papillons apparaissent dans différents motifs devant une scène extérieure rappelant les dessins animés japonais, avec une montagne au loin, un ruisseau, une forêt et un pont en bois au premier plan. Chaque niveau comporte des défis de plus en plus difficiles et des boosters spéciaux qui aident le joueur à gagner.
Le joueur reçoit un laser à pointe circulaire à utiliser avec le tireur pour cibler au moins deux bulles connectées qui correspondent au projectile principal. Si le joueur ne trouve pas de correspondance, il peut sélectionner le tireur pour intervertir les projectiles principal et secondaire et essayer une autre couleur. Pour faire éclater les bulles, ils tirent le projectile sur le groupe. Si une bulle éclatée contient un papillon, le jeu le libère.
Bubble Shooter Butterfly fournit au joueur un nombre limité de projectiles. Le joueur peut suivre le nombre de projectiles restants à tout moment à l`intérieur de l`anneau du tireur. Il n`a pas non plus besoin des seuls projectiles standard pour gagner. Le jeu fournit des boosters, notamment un Floral Beam qui agit comme une fusée qui élimine une bande de bulles et un Sparkle booster qui fait éclater les bulles dans toute une zone. Le jeu propose également des lucioles piégées dans les bulles. Lorsque le joueur en libère une, la luciole fait éclater des bulles de manière aléatoire.
En plus des points que le joueur gagne grâce à ses tirs et au nombre de projectiles restants à la fin d`un niveau, il gagne également jusqu`à trois étoiles d`or et des coffres au trésor.