Agent Walker vs. Skibidi Toilets est un jeu de tir à la troisième personne en trois dimensions qui place le joueur dans des situations mortelles à travers les 10 niveaux du monde animé des Skibidi Toilet. Dans la peau d`un agent caméraman en combinaison blanche à bord d`un mécha robotique à quatre membres, le joueur combat les monstres des toilettes Skibidi en utilisant quatre des six armes disponibles à la fois, dont un fusil à canon scié, un lance-roquettes, une épée de style katana et une mitrailleuse Gatling motorisée à main.
Le joueur combat d`abord des toilettes Skibidi de base. Il finit par affronter des variétés de Skibidi araignée et à cinq têtes, ainsi que le boss Toilet G-Man. Pendant chaque combat, le joueur peut surveiller la jauge de santé de son avatar dans le coin supérieur gauche et le nombre de pièces collectées en dessous. Il peut également suivre les mouvements des Skibidi Toilet grâce à une mini-carte située dans le coin supérieur droit.
Dans Agent Walker vs Skibidi Toilets, le joueur peut apporter 14 améliorations à la santé de l`agent et à sa capacité à attirer les pièces. Il peut également améliorer sa tête avec différents types de caméras, de jeux d`arcade, de haut-parleurs et d`autres appareils électroniques, ainsi qu`avec des objets non technologiques comme un trophée. Si le joueur veut doubler ses pièces, il doit regarder une publicité.