Squishy Fruits es un juego de fusión que comparte similitudes con los juegos de incremento, fusión, disparo de burbujas y pop-it. El jugador fusiona frutas en un recipiente estrecho de paredes azules para crear frutas más grandes. A diferencia de los juegos de fusión Suika, el jugador no fusiona frutas pequeñas para crear otros tipos de frutas más grandes. En lugar de eso, deja caer progresivamente pequeñas versiones de fruta cortada sobre los mismos tipos para crear versiones más grandes, en forma de globo, con lados blandos que acaban creciendo lo suficiente como para estallar automáticamente. Su objetivo es jugar el mayor tiempo posible para ganar la puntuación más alta sin permitir que ninguna fruta llegue a una lÃnea horizontal roja a lo largo de la parte superior del contenedor.
El jugador elige entre juego estándar o mejorado. Con el juego Mejorado, el jugador sólo recibe 10 movimientos de inclinación y un retraso más corto entre las caÃdas. Con una inclinación, el juego desliza todas las frutas, como kiwis, cocos, manzanas, naranjas, mangostanes, papayas y sandÃas, de un lado a otro del contenedor para ayudar a las fusiones automáticas. En cualquier otro momento, las frutas ruedan, rebotan y flotan, lo que también provoca fusiones automáticas. En una partida estándar, el jugador puede ver anuncios para ganar cinco inclinaciones adicionales por lado en cualquier momento. También pueden elegir un tipo de fruta para dejarla caer o reventarla para hacer fusiones y abrir más espacio dentro del contenedor.
Squishy Fruits muestra una vista previa de las próximas tres frutas disponibles cerca de la esquina superior izquierda. También permite al jugador guardar una fruta en un área de almacenamiento hasta que haya una oportunidad de fusión disponible.