Sea Diamonds Challenge es un juego de emparejar fichas con un escenario submarino. El jugador intenta completar una tarea durante el juego por niveles o conseguir la mayor puntuación posible durante el juego cronometrado. A diferencia de muchos juegos de emparejar fichas, no es necesario crear filas o columnas de tres en raya. En su lugar, se seleccionan tres o más fichas de diamante idénticas preexistentes que compartan al menos un lado. El juego es similar a Halloween Monster Puzzles, Melodic Tiles y Tiles of the Simpsons.
El jugador comienza seleccionando un icono de calavera con huesos cruzados para jugar por niveles o un icono de cronómetro de fuego para jugar por tiempo. En ambas opciones, un temporizador realiza la cuenta atrás. En el juego por niveles, el jugador debe alcanzar un determinado nivel de puntos antes de que se agote el tiempo para desbloquear el siguiente nivel. Con el juego cronometrado, simplemente tienen que ganar tantos puntos como sea posible antes de que no quede más tiempo.
Si el jugador elimina conjuntos de tres o más fichas idénticas sin interrupción hasta nueve veces, recibe una habilidad potenciadora que hace explotar las fichas que no coinciden en una gran área durante unos segundos. Si tocan accidentalmente una o dos fichas de diamante, pierden su estado de juego continuo o el potenciador.
Seas Diamonds Challenge hace que el jugador vuelva a empezar cuando termina la partida, lo que significa que vuelve al primer nivel o a cero puntos, dependiendo del modo. Dicho esto, si el jugador se queda sin movimientos antes de que acabe el tiempo, tiene que vigilar atentamente el tablero de 10x10. El juego transforma automáticamente una sola ficha de diamante en un tipo y color diferentes de forma aleatoria, lo que puede abrir oportunidades de emparejamiento.