Cute Bubble Shooter, un juego de explotar burbujas, encomienda al jugador la tarea de ayudar a un sol rojo marcado con burbujas amarillo anaranjadas a escapar de un campo de hileras de coloridas burbujas mezcladas que contienen caras antropomórficas y una variedad de objetos. El jugador sólo puede eliminar las burbujas que rodean al sol creando lÃneas conectadas de tres o más burbujas con proyectiles disparados desde un cañón negro que flota en el cielo, en la parte inferior central de la pantalla, sobre un fondo azul y blanco degradado.
El jugador no necesita eliminar todas las burbujas del campo para ganar un nivel. Sólo tiene que liberar el sol y ganar puntos por sus esfuerzos. Su objetivo secundario en cada nivel es ganar puntos reventando las burbujas. Su objetivo terciario es no permitir que las burbujas se deslicen o se acumulen por debajo de una lÃnea roja horizontal sobre el cañón.
Cute Bubble Shooter requiere que el jugador haga que cada disparo cuente. Da al jugador cinco pases libres, mostrados como burbujas amarillas a la izquierda del tirador. Si no pueden hacer una lÃnea, pierden una de estas burbujas, y el punto se vuelve gris. Después de perder las cinco, el juego añade aleatoriamente burbujas adicionales al campo y a los huecos alrededor del sol. También reinicia los pases. El jugador puede hacer menos tiros malos planificando estratégicamente con una pequeña vista previa del siguiente proyectil directamente debajo del cañón.
El jugador lleva la cuenta del número de soles que ayuda a escapar en la esquina superior izquierda de la pantalla. En la esquina superior derecha de la pantalla, el jugador registra su puntuación.