Cube Commander es un juego de lucha que combina elementos de juegos basados en cubos, mundos artesanales y juegos de gestión. El jugador, a través de un avatar con corona, es el comandante de un ejército que debe luchar contra zombis y otros monstruos que asaltan la tierra en bosques, pantanos y otros entornos. Recoge recursos, sobre todo lingotes de oro y plata, para construir un ejército de guerreros portadores de espadas, arqueros y otros combatientes. También utilizan su riqueza para subir de nivel y realizar mejoras en la salud, el daño, la velocidad, la capacidad de apilamiento y otras áreas.
Inicialmente, el jugador debe intentar salvar a un aldeano secuestrado. Después de recoger suficientes lingotes de plata para comprar tiendas que generan guerreros portadores de espadas, utilizan un área de Carga para ordenar a los guerreros que carguen contra el enemigo. También recogen intermitentemente lingotes de plata y oro adicionales mientras los guerreros distraen a los zombis. El jugador puede aumentar la velocidad a la que recoge los lingotes viendo un anuncio para ganar una herramienta imán.
Cube Commander no obliga a los jugadores a ver muchos anuncios como otros juegos similares. Dicho esto, el jugador sólo puede acceder a algunas herramientas y armas viendo anuncios, como una catapulta que dispara TNT a las tropas enemigas.
Es importante señalar que el jugador también puede almacenar lingotes de oro extra en un cofre antes de que el juego cambie al siguiente nivel. Luego puede volver al cofre y recoger los lingotes para subir de nivel o comprar objetos necesarios.
