Bubble Shooter: Story es un juego de disparar burbujas en el que un alegre oso en un globo aerostático viaja a masas de tierra flotantes a lo largo de 75 niveles de juego. El objetivo del jugador es ayudar al oso a completar su viaje realizando tareas de disparo de burbujas. Las burbujas son más bien pelotas que rebotan. Aunque las burbujas destruidas por un proyectil estallan al contacto, el resto caen del campo de juego a cuencos situados debajo y alrededor del tirador. El juego asigna entonces puntos, monedas de oro y, si procede, monedas de bonificación.
El jugador debe disparar un proyectil burbuja de colores a dos o más burbujas conectadas iguales para eliminarlas del campo. Las tareas pueden incluir revelar luces en la fila superior ocultas tras las burbujas, liberar animales atrapados dentro de las burbujas o disparar a objetivos giratorios. En ocasiones, el jugador puede utilizar potenciadores para eliminar burbujas. Puede utilizar una bomba para eliminar varias burbujas, un proyectil de rueda de colores para disparar a cualquier color, una lÃnea de punterÃa para apuntar mejor y un multiplicador para añadir cinco proyectiles extra al total disponible. El jugador utiliza sus ganancias de monedas para comprar más potenciadores.
Bubble Shooter: Story cuenta con un cañón de burbujas en lugar de un lanzador de flechas o anillos. El jugador puede intercambiar burbujas debajo del cañón para hacer partidas más rápidas. Un número en el cañón revela el número total de proyectiles disponibles. Cuando el jugador completa una tarea, el juego deja caer automáticamente el campo de juego restante y las burbujas de proyectiles en los cuencos.