Alien Bubbles es un juego arcade de disparar burbujas que imita elementos del clásico Puzzle Bobble (Bust-a-Move). El jugador debe evitar que las cabezas redondas y flotantes de los alienÃgenas toquen a un dinosaurio cercano al tirador o al fondo del campo de juego. Si los alienÃgenas llegan al fondo de la pantalla, explotan y se llevan todo lo que hay cerca. Si entran en contacto con el dinosaurio, lo convierten en cenizas.
Los objetivos del jugador son limpiar la pantalla de todos los alienÃgenas y ganar puntos. El juego cuenta con un disparador de engranajes con un área de proyectil central diseñada para una flecha grande. El jugador dirige una flecha de color a una burbuja del mismo color. A diferencia de algunos shooters, el jugador no necesita realizar una maniobra de lÃnea de conexión o de tres en raya. Sólo tiene que disparar a una cabeza con las flechas de color básicas del shooter. Eso sÃ, deben disparar con precisión. El juego acelera la caÃda de un alienÃgena si el jugador acierta en la cabeza con una flecha de otro color.
Alien Bubbles ofrece al jugador niveles y juego infinito. También ofrece opciones de juego rápido. El jugador puede usar un potenciador de flecha de cristal blanco con los colores del arco iris para atravesar una gran franja de cabezas que no coinciden. También puede usar un potenciador de flecha con punta explosiva para volar varias cabezas no emparejadas.
Después de eliminar todas las cabezas alienÃgenas, el juego les proporciona nuevos escenarios y desafÃos.