Zoom-Be 3, der dritte Dungeon-Crawl-Plattformer der Zoom-Be-Reihe, beginnt damit, dass die Jungs endlich im Hauptquartier der bösen Organisation angekommen sind. Sie sind überzeugt, dass sie den Kontrollraum erreichen müssen, um mehr über das Projekt zu erfahren, das sie für immer verändert hat. Die Aufgabe des Spielers ist es, ihnen dabei zu helfen, in 20 Levels von Gebäude zu Gebäude zu gehen, um das Hauptgebäude zu finden, in dem sich der Raum befindet. Wenn sie gut abschneiden, erreichen die Charaktere den Raum, und ein erstaunliches Ereignis findet statt. Der Spieler schaltet außerdem ein spezielles Stern-Bonuslevel frei.
Der Spieler oder die Spieler können die Zombie-Freunde anweisen, viele der gleichen Kunststücke wie im Vorgängerspiel auszuführen, z. B. Türen zu öffnen und Knöpfe zu drücken. Der größere Freund tritt vor allem Dinge, um Hindernisse zu beseitigen, während der kleinere Freund tief kauert, hoch springt und sich schnell bewegt. In diesem Teil müssen sich die beiden Freunde neuen Herausforderungen stellen. So müssen sie zum Beispiel verschiedenfarbige Schlüsselkarten finden, um elektronische Türschlösser zu entriegeln.
Zoom-Be 3 bietet wie das Vorgängerspiel eine Herausforderung zum Sammeln von Kopfbedeckungen. Der oder die Spieler können ein Paar Tiermasken, Hüte in Tierform, Cowboyhüte, Hörnerhelme, Schutzbrillen und sogar Gegenstände, die typischerweise von Einbrechern oder Dieben getragen werden, sammeln.
