Water Sort Puzzle ist ein Logik-Puzzle-Sortierspiel. Der Spieler muss Schichten von farbigen Flüssigkeitsstreifen in laborähnlichen Reagenzgläsern verschieben, bis jeder Behälter mit einer festen Flüssigkeit gefüllt ist.
Der Spieler kann immer nur einen der farbigen Streifen von einem Reagenzglas in ein anderes verschieben. Das Spiel gibt ihm zwei Transfermöglichkeiten. Er kann die Flüssigkeit in ein leeres Gefäß sortieren oder sie auf ein Band in einem halb gefüllten Gefäß mit einem oberen Band der gleichen Farbe schütten. Der Spieler kann nur passende Farben in Reagenzgläser umfüllen, die bereits Flüssigkeit enthalten.
Water Sort Puzzle erlaubt es dem Spieler, einen Zug bis zu fünf Mal pro Level rückgängig zu machen. Anders als bei ähnlichen Spielen wird der Spieler nicht bestraft oder gezwungen, sich eine Werbung anzusehen. Noch besser: Wenn der Spieler nicht mehr weiterkommt und ihm die Züge ausgehen, kann er das Level einfach komplett neu laden. In einigen Levels kann er auch kostenlos ein zusätzliches leeres Reagenzglas zum Spielfeld hinzufügen.
Das Spiel belohnt den Spieler erst dann, wenn er alle Flüssigkeitsstreifen in einzelne, festfarbige Behälter getrennt hat. Wenn dies geschieht, erscheinen kurzzeitig Konfetti-Partikel auf dem Bildschirm.