Flags Connect ist ein Spiel im Stil von Connect, bei dem der Spieler Paare von runden Flaggensymbolen auf einem Spielbrett aus miteinander verbundenen, runden, eckigen Kacheln zusammenbringen muss, die vor einer Weltkarte schweben. Der Spieler gewinnt ein Level, indem er alle Symbole entfernt, bevor ein zweifarbiger grüner horizontaler Zeitbalken vom Bildschirm verschwindet. Zu den Ländern, die durch Flaggen im Spiel vertreten sind, gehören Amerika, Kanada, Japan und das Vereinigte Königreich.
Das Spiel bietet dem Spieler drei Modi (leicht, schwer und sehr schwer). Die Modi "Schwer" und "Sehr schwer" bieten die gleiche Zeitspanne wie der Modus "Leicht", jedoch mit größeren Spielfeldern, die mehr Flaggen zeigen. Der Spieler muss identische Flaggen entlang unsichtbarer Linien zwischen nebeneinander liegenden Symbolen und Flaggen, die sich durch leere Felder auf dem Spielbrett oder entlang der Ränder verbinden, zusammenfügen. In der Regel können sie nicht in den Ecken des Spielbretts zusammengeführt werden.
Im Gegensatz zu vielen anderen Spielen im Verbindungsstil kann der Spieler Symbole mit mehr als drei Verbindungslinien verbinden. Wenn der Spieler Fahnen verbindet, gleitet die erste ausgewählte Fahne entlang einer unsichtbaren Linie zur zweiten Fahne, verschmilzt mit der entsprechenden Fahne, und dann platzt ein einzelnes Symbol wie eine Seifenblase.
Flags Connect setzt den Timer für jedes neue Level zurück. Der Spieler sammelt so lange Punkte, bis er keine Verbindungszüge mehr hat.
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