Bob der Räuber 3 bringt den Einbrecher mit Herz zurück, um im dritten Teil der beliebten Arcade-Puzzle-Platformer-Serie Verbrechen mit Verbrechen zu bekämpfen. Der Top Secret Service braucht Bobs Hilfe bei der Beschaffung von Dokumenten aus dem Labor eines verrückten Wissenschaftlers. Bob muss mit dem Fallschirm an einem fremden Ort abspringen und sich durch die verschiedenen Ebenen der Basis schleichen, um seinen Auftrag zu erfüllen.
Wie in den anderen Spielen der Serie steuert der Spieler Bobs Aktionen. Er muss ihn dazu bringen, im Schatten stehen zu bleiben, um sich vor Kameras und bewaffneten Spezialkräften zu verstecken, normale Wachen und Wissenschaftler von hinten auszuschalten, Drähte zu durchtrennen, um Sicherheitssysteme abzuschalten, nützliche Gadgets und Codes auf Computern zu finden, Vorhängeschlösser und elektronisch verriegelte Türen zu entriegeln, ausgeschaltete Personen hinter großen Pappkartons zu verstecken und die Standorte der streng geheimen Dokumente zu entdecken.
Bob the Robber 3 verfügt nicht über ein Geldbeschaffungssystem. Es bietet auch keine Möglichkeit, Gadgets zu kaufen. Zombies gibt es nicht. Stattdessen spielt sich alles auf verschiedenen Ebenen in separaten Bereichen der Anlage ab. Außerdem treten in Leinen gehüllte Mumien an die Stelle der Zombies. Wie bei den normalen Wachen und Wissenschaftlern muss der Spieler Bob anweisen, sie von hinten anzugreifen. Außerdem findet Bobs anfängliches Training im ersten Bereich der Einrichtung statt und nicht in seinem Haus oder seinem persönlichen Trainingslager.