Block Puzzle Sudoku, oder Block Sudoku Puzzle, ist ein Block-Puzzle-Spiel mit einem blauen, Sudoku-ähnlichen 9x9-Brett. Der Spieler muss Reihen, Linien und Untergitter auf dem Spielbrett mit Polyomino-Formen bilden, die darunter erscheinen. Das Ziel hängt von den drei Spielmodi des Spiels ab (Mission, Tägliche Herausforderung und Reise).
Im Modus Mission muss der Spieler verschiedene Aufgaben in verschiedenen Levels erfüllen, wie zum Beispiel jedes Mal eine bestimmte Punktzahl erreichen. Im Modus "Tägliche Herausforderung" muss er jeden Tag ein einzigartiges Spiel im Stil einer Mission absolvieren. Die Missionsaufgabe kann das Erreichen einer bestimmten Punktzahl, das Sammeln einer bestimmten Anzahl verschiedenfarbiger Sterne auf speziell gekennzeichneten Blöcken oder die Erfüllung einer Mischung von Anforderungen erfordern. Im Gegensatz zu ähnlichen Spielen kann der Spieler die Aufgaben der vorherigen Tage nicht abschließen. Im Reisemodus schließlich reist er auf einer Karte Level für Level, indem er Missionen erfüllt.
Block Puzzle Sudoku bietet keine Booster oder einen Timer. Dafür erhält der Spieler aber Extrapunkte für Kombinationszüge. Sie müssen mehr als eine Zeile, Spalte oder ein Untergitter auf einmal entfernen.