Bird Sort Puzzle ist ein Sortierspiel, bei dem Vögel und Äste anstelle von Bällen und Reagenzgläsern zum Einsatz kommen. Der Spieler sieht gemischte Gruppen von bunten Vögeln, darunter Nymphensittiche, Papageien und Tukane, die auf Zweigen in einer bergigen, tropischen Umgebung ruhen. Der Spieler muss die Vögel nach Arten ordnen, wobei nur eine Art pro Zweig vorkommen darf. Das Spiel bietet Hunderte von Levels, die den Spieler mit komplizierten Vogelarrangements herausfordern.
Wie bei Ballsortierspielen wählt der Spieler die Vögel aus und bewegt sie, um passende Gruppen zu bilden. Er kann einen Vogel oder mehrere Vögel der gleichen Art bewegen, die nebeneinander auf einem Ast ruhen. Wenn der Spieler nicht mehr genug Platz hat, um die Vögel zu verschieben, muss er das Level neu beginnen oder versuchen, verschiedene Hilfsmittel zu benutzen, die das Spiel zur Verfügung stellt, um zu gewinnen, einschließlich eines Zurück-Pfeils, der als Rückgängig-Button dient, und eines Zweig-Werkzeugs mit einem Plus-Zeichen, das ihm einen zusätzlichen leeren Zweig gibt.
Vogel-Sortier-Puzzle bietet auch ein Hinweis-Werkzeug, das mit einer Glühbirne markiert ist, die der Spieler benutzen kann, bevor ihm die Züge ausgehen. Wenn der Spieler erfolgreich alle Gruppen erstellt hat, fliegen die Vögel in ihren Gruppen in verschiedene Richtungen davon.