Agent Walker vs. Skibidi Toilets ist ein dreidimensionaler Third-Person-Shooter, der den Spieler in 10 Levels der animierten Skibidi-Toilettenwelt in tödliche Situationen bringt. Als Agent-Kameramann im weißen Anzug in einem vierbeinigen Roboter-Mech-Walker bekämpft der Spieler die Skibidi-Toiletten-Monster mit vier von bis zu sechs verfügbaren Waffen gleichzeitig, darunter eine abgesägte Schrotflinte, ein Raketenwerfer, ein Schwert im Katana-Stil und eine motorisierte Handgatling-Gun.
Der Spieler kämpft zunächst gegen einfache Skibidi-Toiletten. Schließlich kämpft er gegen spinnen- und fünfköpfige Skibidi-Varianten und gegen den Toiletten-G-Man als Endgegner. Während jedes Kampfes kann der Spieler die Gesundheitsanzeige seines Avatars in der oberen linken Ecke und die Anzahl der gesammelten Münzen darunter beobachten. Außerdem kann er die Bewegungen der Skibidi-Toiletten über eine Minikarte in der rechten oberen Ecke verfolgen.
In Agent Walker vs. Skibidi Toilets kann der Spieler 14 Upgrades für die Gesundheit des Agenten und seine Fähigkeit, Münzen anzuziehen, vornehmen. Außerdem kann er seinen Kopf mit verschiedenen Arten von Kameras, Arcade-Spielen, Lautsprechern und anderen elektronischen Geräten sowie mit einigen nichttechnischen Gegenständen wie einer Trophäe aufrüsten. Wenn der Spieler seine Münzen verdoppeln will, muss er sich eine Werbung ansehen.
