Wheely 3 fortsætter spillerens søgen efter at hjælpe den antropomorfe bil Wheely med at navigere i sin verden. I denne del har Wheelys elskede, Jolie, brug for et nyt hjul. Spilleren dirigerer Wheely til at udføre forskellige opgaver for at skaffe et hjul til hende. Som i de to foregående dele skal spilleren bruge sin sunde fornuft, deduktive ræsonnementer, videnskabsbaserede færdigheder og en række værktøjer til at løse gåder, håndtere både ikke-truende og truende køretøjer og gennemføre hvert niveau i spillet.
