Mecha Run er et afslappet løbespil, hvor spilleren via en gul stickman med et stort hoved skal bruge håndtag til at styre en mecha rundt om, gennem eller over forhindringer på forskellige forhindringsbaner i et havområde. Spillerens mål er at hjælpe mech`en med at nå en sort-hvid målring for enden af banen. Hvis en forhindring beskadiger mech`en for meget i en bane, skal spilleren starte banen forfra.
Hindringsbanerne har brune og grå vægge, roterende savklinger og andre trusler. Efter så mange baner skal spilleren også deltage i en boss-kamp. Spilleren bruger håndtag på mech`en til at flytte den til venstre, midten eller højre på en bane. Når det er sagt, kan de ikke altid dirigere mech`en rundt om en fare. Derfor skal de udstyre sig med særlige evner, værktøjer og våben. De kan f.eks. udstyre sig med en chokbølgebonus, der sender en puls ud, som vælter vægge af grå blokke, en uovervindelig kraft, der beskytter mech`en, eller en flyvende drone, der smider bomber. Værktøjer og våben omfatter en ildkuglekanon, en spids boremaskine og en nitrolignende motor.
Mecha Run forsyner spilleren med nye værktøjer og våben efter hvert vellykket løb. Spilleren skal se reklamer for at udstyre sig med bonusfærdigheder.
