Bubble Mania Pirates er et simpelt bobleskydningsspil med et simpelt spil på 30 niveauer med et tema om et eventyr på havet og en ø. Spillerens eneste mål er at sprænge så mange bobler som nødvendigt for at samle et bestemt antal guldmønter pr. niveau.
Spilleren skal skyde en projektilboble mod to eller flere bobler af samme farve for at fjerne bobler fra spillepladen og nå mønterne. De får et begrænset antal projektiler på hvert niveau. Ligesom mange lignende spil bruger de en stiplet mållinje og en ringskyder, der er ladet med to projektiler. De kan til enhver tid bytte det første projektil med det andet for at lave det bedste match. Når de skyder præcist, sprænger de de matchende bobler. De slipper også alle bobler og uopnåelige tønder og sten under dem ud i vandtønder i bunden af banen for at generere yderligere point. Når spilleren vinder et niveau, får de point og op til tre gyldne stjerner.
Bubble Mania Pirates tilbyder flere ekstra sjove måder at poppe bobler på. Spilleren kan skyde gennem frostede bobler. Spillet indeholder også boostere. Når det er sagt, kræver det ikke, at spilleren køber nogen powerups. I stedet fordeler det boostere i hvert niveau, og spilleren samler de kraftfulde værktøjer, når han eller hun popper bobler. Boosterne omfatter regnbue-bobler, der matcher en hvilken som helst farve, bomber-bobler, der sprænger bobler i nærheden, lyn-bobler, der udsletter en vandret linje af bobler, og nøgle-bobler, der låser op for kæder, der er viklet rundt om bobler.