Bubble Guriko er et spil, der byder på nye elementer til det klassiske gameplay. En skurk ved navn Cosmos har besluttet at tage en ferie på øer beboet af en race kendt som Gurikos. Når baby Gurikos spiser hans jordbær og drikker hans drik, fanger han dem alle i bobler. Spilleren hjælper forældrene ved at løse opgaver med at sprænge bobler for at nå babyerne på tværs af mere end 100 baner.
Som i de fleste bobleskydespil hænger rækker af forbundne, blandede bobler fra toppen af et felt. Baby Gurikos i bobler er fanget i hele mønsteret. I modsætning til andre spil er der ingen pil, kanon eller ring "shooter", som spilleren bruger til at skyde en projektilboble fra bunden af feltet. I stedet vælger de en boble produceret af Cosmos og hans magiske stav, der svæver op mod rækkerne og derefter et separat, skyggemål ved siden af to eller flere matchende forbundne bobler.
Bubble Guriko indeholder også boosterbobler. Spilleren kan bruge en katapultboble til at sprænge svært tilgængelige bobler, en regnbueboble til at skyde en hvilken som helst farve eller type boble og en stråleboble til at fjerne en vandret række af bobler. De køber yderligere boostere med jordbær.
Spilleren modtager point og stjerner som belønninger. De får også XP for præstationer, såsom at redde et bestemt antal baby Gurikos, samle et bestemt antal stjerner og låse op for bestemte boostere. Endelig kan de oprette forbindelse med andre spillere på Facebook.