Dexomon är ett turordningsbaserat monsterträningsspel med stridsarena som liknar Pokémon och Dynamons. Den liknande berättelsen handlar om en pojke som vill bli den bästa tränaren av monster som kallas Dexomons. Spelaren hjälper honom att slåss mot vilda monster och andra tränare och deras team. De hjälper monstren att gå upp i nivå och få nya attacker. Deras mål är att göra pojkens monster till det starkaste laget överhuvudtaget.