Water Sort Puzzle é um jogo de lógica e classificação. O jogador deve mover camadas de bandas lÃquidas coloridas em tubos de ensaio de estilo laboratorial até que um lÃquido de cor sólida encha cada recipiente.
O jogador só pode mover uma das bandas coloridas de um tubo de ensaio para outro de cada vez. O jogo dá-lhe duas opções de transferência. O jogador pode transferir o lÃquido para um recipiente vazio ou despejá-lo em cima de uma banda num recipiente semi-preenchido com uma banda superior da mesma cor. O jogador só pode transferir cores iguais para tubos de ensaio que já contenham lÃquido.
Water Sort Puzzle permite ao jogador desfazer uma jogada até cinco vezes por nÃvel. Ao contrário de jogos semelhantes, não penaliza o jogador nem o obriga a ver um anúncio. Melhor ainda, se o jogador ficar preso e ficar sem movimentos, pode simplesmente recarregar o nÃvel por completo. Nalguns nÃveis, pode também adicionar um tubo de ensaio vazio ao campo de jogo gratuitamente.
O jogo não recompensa o jogador até este ter separado todas as bandas de lÃquido em recipientes únicos e de cor sólida. Quando isso acontece, aparecem brevemente partÃculas de confetti no ecrã.