Pair Up 3D é um jogo de puzzle de ordenação e correspondência. O jogador tenta ganhar o máximo de pontos possÃvel encontrando e combinando rapidamente objectos encontrados em diferentes locais de casa, da escola e públicos. Cada vez que completam a sua tarefa, desbloqueiam novos locais e itens para ordenar e combinar.
O jogo começa na Sala de Passatempos. Por exemplo, o jogador pode ter de ordenar e combinar instrumentos musicais e equipamento relacionado, incluindo cassetes, microfones sem fios, baterias, guitarras eléctricas, flautas tradicionais e tripés para partituras. Os locais desbloqueáveis incluem o Quarto das Crianças, a Escola, o Mercado dos Agricultores, o Quarto, a Adega, a Cozinha, a Praça de Alimentação, o Ginásio e a Sala de Estar.
Em cada local, o jogador tem de selecionar os objectos misturados no chão para encontrar pares. Depois, arrasta cada um dos objectos emparelhados para as portas prateadas fechadas de uma calha de eliminação perto do centro inferior do ecrã. Depois de emparelhar dois objectos, as portas abrem-se e os objectos desaparecem da vista.
Pair Up 3D obriga o jogador a completar as suas tarefas durante o jogo cronometrado. Se o jogador vencer o tempo, ganha também pontos de bónus e multiplicadores. Por último, o jogo inclui mini-jogos (Jogo da Matemática, Jogo da Atenção, Jogo das Palavras e Jogo das Ligações) que dão pontos extra.
