Gem Valley é um jogo de combinar 3. A personagem principal, Emily, adora a sua cidade natal de Gem Valley, mas o local está degradado. Ela precisa da ajuda do jogador para restaurar as estruturas. O jogador ganha moedas, materiais de construção e decorações ao criar grupos de pelo menos três pedras preciosas iguais em tabuleiros de vários nÃveis dentro de um número limitado de movimentos.
Quando o jogador cria um grupo de 3 gemas iguais, o jogo remove as gemas e quaisquer objectos próximos que o jogador tenha de remover, tais como manchas de terra ou aglomerados de ouro subterrâneos, e depois preenche as lacunas com um fluxo de gemas do topo do tabuleiro. Um aspeto único deste jogo é o facto de o jogador ter por vezes de adicionar elementos aos quadrados atrás das pedras preciosas. Por exemplo, pode ser necessário preencher os quadrados com um material arroxeado conhecido como O Bálsamo.
Gem Valley oferece vários reforços. Três ferramentas na barra lateral vertical direita permitem ao jogador executar determinadas acções sem utilizar os movimentos apresentados acima da tarefa na barra lateral esquerda. O jogador também pode criar impulsionadores combinando mais de três pedras preciosas. Por exemplo, pode criar foguetões com quatro pedras preciosas que rebentam com um único ponto aleatório ou com uma coluna ou linha inteira. Com cinco pedras preciosas, criam uma bola arco-Ãris que remove todas as pedras de um tipo do tabuleiro. Combinando a bola com outro impulsionador, o impulsionador é duplicado.
O jogador também recebe moedas e reforços através de um jogo de cartas de bónus diário e de caixas de presentes. Recebe ganhos adicionais e escudos especiais em forma de troféu ao competir com outros jogadores online em diferentes eventos.