O Cute Bubble Shooter, um jogo de rebentar bolhas, obriga o jogador a ajudar um sol vermelho marcado com bolhas amarelo-alaranjadas a escapar de um campo de filas de bolhas coloridas e misturadas que contêm rostos antropomórficos e uma variedade de objectos. O jogador só pode remover as bolhas à volta do sol criando linhas ligadas de três ou mais bolhas com bolhas de projétil disparadas por um canhão preto que flutua no céu, na parte inferior central do ecrã, por cima de um fundo de paisagem urbana azul e branca.
O jogador não precisa de eliminar todas as bolhas do campo para ganhar um nÃvel. Só precisa de libertar o sol e ganhar pontos pelo seu esforço. O seu objetivo secundário em cada nÃvel é ganhar pontos rebentando as bolhas. O seu objetivo terciário é não permitir que as bolhas deslizem ou se acumulem abaixo de uma linha horizontal vermelha por cima do canhão.
O Cute Bubble Shooter exige que o jogador faça valer cada tiro. Ele dá ao jogador cinco passes livres, exibidos como bolhas amarelas à esquerda do atirador. Se não conseguir fazer uma linha, perde uma dessas bolhas e o local fica cinzento. Depois de perder todas as cinco, o jogo adiciona aleatoriamente bolhas adicionais ao campo e em quaisquer espaços à volta do sol. Também reinicia os passes. O jogador pode dar menos tiros errados planeando estrategicamente com uma pequena pré-visualização do próximo projétil diretamente abaixo do canhão.
O jogador regista o número de sóis que ajudou a escapar no canto superior esquerdo do ecrã. A sua pontuação é registada no canto superior direito.