Bubble Shooter: Story é um jogo de atirar bolhas em que um urso alegre num balão de ar quente viaja para massas de terra flutuantes ao longo de 75 nÃveis de jogo. O objetivo do jogador é ajudar o urso a completar a sua viagem, realizando tarefas de atirar à s bolhas. As bolhas são mais parecidas com bolas saltitantes. Apesar de as bolhas destruÃdas por um projétil rebentarem com o contacto, as restantes caem do campo de jogo para taças por baixo e à volta do atirador. O jogo atribui então pontos, moedas de ouro e, se aplicável, moedas de bónus.
O jogador deve disparar uma bolha de projétil colorida contra duas ou mais bolhas ligadas entre si para as remover do campo. As tarefas podem incluir revelar luzes na linha superior escondidas atrás de bolhas, libertar animais presos dentro de bolhas ou disparar contra alvos rotativos. Por vezes, o jogador pode utilizar boosters para remover as bolhas. Pode utilizar uma bomba para eliminar várias bolhas, um projétil de roda de cores para disparar contra qualquer cor, uma linha de mira para apontar melhor e um multiplicador para adicionar cinco projécteis extra ao total disponÃvel. O jogador usa os seus ganhos em moedas para comprar mais boosters.
Bubble Shooter: Story apresenta um canhão de bolhas em vez de um atirador de flechas ou anéis. O jogador pode trocar as bolhas por baixo do canhão para fazer combinações mais rápidas. Um número no canhão revela o número total de projécteis disponÃveis. Quando o jogador completa uma tarefa, o jogo deixa cair automaticamente o restante campo de jogo e as bolhas de projécteis nas taças.
