Alien Bubbles é um jogo de arcada de atirar bolhas que imita elementos do clássico jogo Puzzle Bobble (Bust-a-Move). O jogador deve impedir que cabeças alienÃgenas flutuantes e redondas toquem num dinossauro perto do atirador ou no fundo do campo de jogo. Se os extraterrestres chegarem ao fundo do ecrã, explodem e levam tudo o que estiver por perto com eles. Se entrarem em contacto com o dinossauro, transformam-no em cinzas.
O objetivo do jogador é limpar o ecrã de todos os extraterrestres e ganhar pontos. O jogo apresenta um atirador de engrenagens com uma área de projétil central concebida para uma seta grande. O jogador dirige uma seta colorida para uma bolha com a mesma cor. Ao contrário de alguns jogos de tiros, o jogador não precisa de efetuar uma manobra de ligação ou de combinação de 3. Só precisa de disparar cabeças individuais com as setas coloridas básicas do shooter. No entanto, o jogador deve disparar com precisão. O jogo acelera a queda de um alienÃgena se o jogador acertar a cabeça com uma flecha de cor diferente.
Alien Bubbles oferece ao jogador nÃveis e jogo infinito. Também oferece opções de jogo rápido. O jogador pode usar um powerup de flecha de cristal branco, cor de arco-Ãris, para perfurar uma grande faixa de cabeças não combinadas. Ele também pode usar um powerup de flecha com ponta explosiva para explodir várias cabeças que não combinam.
Depois de removerem todas as cabeças alienÃgenas, o jogo fornece-lhes novos cenários e desafios.
