Minigolf Archipelago is een vaardigheidsspel dat zich richt op hobbymatig en sportief midgetgolfen. De term "archipel" verwijst naar een groep eilanden. Elke omsloten, grijsgroene golfbaan drijft op een blauwe achtergrond. Het spel toont één of meer van deze eilanden per level. Het doel van de speler is om de ballen in de gaten te gooien die zijn gemarkeerd met witte of rode vlaggen. Ze moeten ook proberen uit de buurt te blijven van gaten met zwarte vlaggen, die staan voor gebieden waar dieven ballen proberen te stelen.
De speler gebruikt een witte pijl op het scherm en zijn muis, trackpad of touchscreen om een bal te sturen. Ze kunnen rechte, ononderbroken schoten maken en schoten tegen de zijmuren. Het spel biedt ook handige fysieke obstakels, zoals driehoeken, cirkels en andere geometrische vormen, die de speler kan gebruiken om een bal te dirigeren.
Minigolf Archipelago biedt ook hulpmiddelen. Als de speler op een baan met meerdere vlaggen staat met witte en rode vlaggen, kan hij de hole met de witte vlag gebruiken als checkpoint. Als de bal weer tevoorschijn komt om de volgende slag te slaan, verschijnt hij op de plek van de vorige witte vlag in plaats van op de startpositie. Bovendien zijn sommige banen voorzien van blauwpaarse teleportatiegaten waarmee de speler een bal in een gat met een rode vlag op het ene eiland kan potten door de bal vanaf een heel ander eiland te schieten.
Als de speler naar reclame kijkt, kan hij vuurballen verdienen of een level of gat met een zwarte vlag overslaan.