Enchanted Waters is een eindeloos loopspel waarin de speler een personage op het scherm moet helpen om over platforms te rennen die in verschillende wateromgevingen drijven. Een omgeving kan bestaan uit een vijver met daglicht, trappen die nergens heen leiden, water dat van bovenaf uit pijpen stroomt en drijvende eenden en bloemen, of een donkere oceaanscène met zeewier en de silhouetten van kwallen, haaien, scholen vissen en ander zeeleven.
Het personage begint automatisch te rennen zodra de speler het loopscherm opent. De speler kan het personage niet besturen of andere acties laten uitvoeren, behalve over gaten tussen platforms springen. Omdat het personage snel rent, moet de speler snel op het spelscherm reageren om het te laten springen of dubbelspringen. De dubbele sprong voegt zowel hoogte als afstand toe aan een sprong. Als de speler te lang of niet lang genoeg op het scherm reageert, valt het personage in het water en eindigt het spel.
Gelukkig kun je in Enchanted Waters gratis een nieuwe poging wagen. De speler wordt niet gestraft of hoeft geld te betalen om het opnieuw te proberen. Dit is een geweldige bonus omdat de kunstwerken en magische elementen in het spel succes ontzettend moeilijk maken. De snelheid van het personage is niet het enige obstakel. Het is moeilijk om de afstanden tussen platforms in te schatten. Het personage kan ook plotseling verdwijnen door illusies. Magische portalen op de baan kunnen de score verlagen en het personage naar een nieuwe omgeving sturen.
De game biedt gratis munten op de platforms waarmee de speler verschillende personages en willekeurig gekozen boosters kan kopen om de run te verbeteren.
