Ballbeez is een tijdgebonden logisch puzzelspel met natuurkundige uitdagingen, vergelijkbaar met de spellen Happy Glass en Happy Filled Glass. De speler moet donkerblauwe bakjes vullen met Orbeez polymeerballen. Elke bal is superabsorberend, wat betekent dat hij van klein naar groter groeit als hij wordt blootgesteld aan vloeistof. De speler krijgt drie gouden sterren per fase en verliest een ster telkens als een bal uit de bak valt en van het tafeloppervlak valt.
Het spel heeft 10 levels, met vijf levels of containers per level. De speler gebruikt een of meer dispensers gemarkeerd met oranje richtingspijlen om de Orbeez los te laten in een container en water. Ze moeten nauwkeurig het aantal kleine balletjes inschatten dat ze moeten loslaten om ervoor te zorgen dat de geëxpandeerde balletjes zich opstapelen om een witte, horizontale vullijn te bereiken. Het spel maakt dit moeilijk door de kleine balletjes langzaam of snel te laten opzwellen en ze dan per fase tot verschillende groottes te vergroten. De ballen stapelen zich ook snel op.
Ballbeez biedt de speler ook een grote verscheidenheid aan obstakels. De speler moet bijvoorbeeld vakken in een container vullen, een gat in de zijkant van het raamwerk blokkeren of een schuivende dispenser gebruiken. Ze kunnen echter een fase winnen als een bal niet van de tafel valt voordat een witte timer met twee ringen een bepaalde tijd heeft bereikt. Ze kunnen ook onbeperkt opnieuw proberen. Als een level te moeilijk is, kunnen ze het overslaan door een reclamevideo te bekijken.
