Water Color Sort è un gioco di ordinamento. Il giocatore deve usare le proprie capacità di ragionamento per determinare le azioni migliori da intraprendere per ordinare le bande di acqua colorata nelle provette. Il gioco è simile ai giochi di ordinamento con le palline, ma utilizza le palline al posto dell`acqua colorata. Il gioco presenta un totale di 40 livelli. Il giocatore deve completare un compito in un livello per sbloccare il livello successivo. Il giocatore può trasferire solo una striscia d`acqua colorata in una provetta vuota o in una provetta contenente un colore corrispondente che si trova da sola o sopra un colore non corrispondente. Se commette un errore, ha cinque possibilità di annullare una mossa precedente utilizzando un pulsante di annullamento contrassegnato da una freccia rivolta a sinistra e da un numero.
Per fortuna, Water Color Sort permette anche al giocatore di resettare un livello se non riesce ad annullare l`ultima mossa o se non ha più opzioni. È sufficiente fare clic o toccare il pulsante nella parte superiore dello schermo, contrassegnato da una freccia indietro ricurva. È anche possibile aggiungere una provetta supplementare al campo di gioco con un pulsante nell`angolo in alto a destra contrassegnato da un segno più e dall`icona di una provetta.
È importante notare che il gioco aumenta il numero e le sfumature dei colori a ogni nuovo livello. Il giocatore deve pensare in modo strategico per scoprire la giusta combinazione di mosse necessarie per completare il compito.