Super Stacker 3 è un gioco di costruzioni basato sulla popolare serie Super Stacker. Presenta forme antropomorfe (scatole viola, cerchi gialli e triangoli verdi) che il giocatore deve utilizzare, insieme alle conoscenze sui blocchi da costruzione, sulla geometria e sulla fisica, per completare le sfide di progettazione in 40 livelli. Potrebbero costruire una torre, creare le gambe di un gigante o creare una struttura con la cima piatta.
Il giocatore riceve un certo numero di forme diverse in ogni livello, che passa in rassegna su una barra sopra il campo di gioco. Per riuscire nell`impresa, è sufficiente creare una struttura impilata con le forme che risponda in qualche modo alla sfida e non crolli per almeno 10 secondi. Se il giocatore fallisce, le forme visualizzano emozioni negative, come rabbia, preoccupazione, paura e shock.
Super Stacker 3 è quasi identico a Super Stacker 2, tranne per il fatto che offre più di 40 nuove sfide e possibilità di progettazione. Inoltre, non dispone di un editor di pile per la creazione di nuove pile. Detto questo, il gameplay è esattamente lo stesso. Il giocatore impila le forme in 10 livelli per modalità , in quattro modalità classificate dalla più facile alla più difficile. In questa versione, le modalità sono note come "pacchetti" (Pacchetto 1, Pacchetto 2, Pacchetto 3 e Pacchetto 4). Se il giocatore li completa tutti, può giocare anche a una modalità Bonus.