Pipes: The Puzzle è un rompicapo in stile connect che richiede al giocatore di prendere decisioni logiche entro un certo numero di mosse. Il gioco mostra una vista laterale di una città sopra un`area sotterranea contenente sezioni di tubi scollegati e una falda acquifera. Il giocatore deve collegare i tubi per creare un sistema di trasporto di acqua pulita.
Il giocatore può girare ogni tubo quattro volte in una direzione diversa. Il gioco cambia il numero di mosse che il giocatore può fare per ogni livello. Il giocatore deve osservare la disposizione delle sezioni e trovare le posizioni giuste per quelle che completano un percorso di tubi che porta dall`acqua alla città .
È importante notare che il giocatore non potrà utilizzare tutte le sezioni di tubi. Inoltre, non può riposizionare alcuni tubi colorati, come quelli bianchi, e potrebbe essere necessario creare uno o più anelli di tubi per spostare l`acqua. Il gioco consente di utilizzare uno strumento di suggerimento per rivelare tutte le sezioni da utilizzare per completare il sistema di tubature. Tuttavia, i giocatori ricevono solo tre suggerimenti. Devono quindi guardare le pubblicità per riceverne altri. Possono anche guardare le pubblicità per ricevere mosse extra.
Pipes: The Puzzle presenta un sistema di classificazione rappresentato da una barra di progressione orizzontale vicino all`acqua. Quando il giocatore completa un certo numero di livelli, il suo grado cambia, appare una faccina sorridente e riceve suggerimenti extra.
