Merge Jewels è un gioco di abbinamento di tessere che prevede gioielli colorati in cima a tessere rotonde corrispondenti. Il giocatore deve selezionare tre o più gioielli abbinati e collegati per rimuoverli dal campo di gioco il più rapidamente possibile. L`obiettivo è quello di ottenere un punteggio elevato prima che le azioni del gioco lo costringano a esaurire le mosse.
Il gioco presenta le tessere gioiello mescolate in file. Con il passare del tempo, il gioco inserisce automaticamente nuove file sul campo di gioco, partendo dal basso. Il giocatore può rimuovere le tessere solo selezionandone una da un gruppo di tre o più. A differenza di molti altri giochi Match-3, il giocatore può selezionare i grappoli in formazioni diverse dalle righe. Ad esempio, può selezionare un gruppo con due tessere su una riga e una tessera adiacente corrispondente sulla riga superiore o inferiore. Inizialmente, il gioco fornisce un suggerimento sui cluster validi facendo passare e pulsare dei cerchi bianchi sopra le tessere corrispondenti.
Ci sono anche dei cerchi bianchi che pulsano sopra le tessere corrispondenti.
Merge Jewels fornisce al giocatore anche dei booster automatici. Di tanto in tanto, infatti, vengono mescolate bottiglie in stile pozione tra le tessere dei gioielli. Queste bottiglie svolgono diversi compiti. Una bottiglia rotonda con un liquido color arcobaleno agisce come una bomba. Una bottiglia con un liquido di un colore rimuove dal campo tutte le tessere che corrispondono a quel colore. Una bottiglia con due frecce semicircolari scambia alcune tessere a caso. I fiocchi di neve nelle bottiglie congelano tutte le azioni.
Ci sono anche fiocchi di neve in bottiglie che congelano tutte le azioni.
Se il giocatore tocca solo una o due tessere, perde punti. Il gioco visualizza la perdita come un numero rosso negativo. Se il giocatore lascia scivolare le tessere in cima al campo, riceve un primo avvertimento di scuotimento delle tessere. Se impiega troppo tempo a rimuovere le tessere inferiori corrispondenti per far rientrare quelle superiori nel campo, tutte le tessere iniziano a diventare grigie e la partita termina.