Cubito è un arcade, endless runner che presenta elementi simili ai giochi di serpenti. Il giocatore deve dirigere un serpente o un treno fatto di cubi magenta lungo due binari fatti di cubi verde neon sospesi in una regione viola simile allo spazio. L`unico compito è quello di mantenere i cubi su uno dei due binari il più a lungo possibile per ottenere il punteggio migliore.
Come nei giochi di serpenti, il giocatore può perdere cubi dal suo serpente/treno se non riesce a dirigerlo intorno agli ostacoli sui binari, tra cui muri viola e barriere rosa. I tracciati presentano anche brevi e ampi spazi vuoti che possono rendere difficile per il giocatore valutare le distanze e la pista disponibile in una sezione. Il gioco presenta dei binari rossi invertiti che sono letali da toccare e che si espandono e si contraggono rispetto ai binari verdi, rendendo ancora più difficile valutare la posizione degli spazi vuoti. Inoltre, esistono cubi di velocità bianchi con frecce che fanno muovere i cubi del giocatore su un tracciato troppo velocemente.
Ogni volta che il giocatore colpisce un ostacolo o non riesce a rimanere parzialmente su un tracciato verde, perde cubi magenta. Se i suoi cubi sbattono contro una barriera o cadono attraverso una fessura, perde la partita. Il giocatore deve quindi ricominciare e cercare di fare meglio del suo ultimo punteggio migliore.
Cubito fornisce uno strumento di guarigione per dare al giocatore l`opportunità di continuare a percorrere le piste verdi. Ogni volta che il giocatore dirige i cubi attraverso un cubo magenta con un cuore, l`intero serpente/treno torna alle sue dimensioni originali.