Bubble Shooter Challenge 2 chiede al giocatore di guadagnare punti sparando bolle di caramelle colorate che rimbalzano come palline e pendono dalla parte superiore dello schermo di gioco. Il giocatore deve collegare una bolla proiettata a due bolle corrispondenti per creare una linea che scoppi. Le bolle al di sotto di tale linea cadono e scoppiano dopo aver rimbalzato contro le pareti verticali laterali del campo di gioco o le pareti che separano le aree etichettate con il numero di punti disponibili (50 | 100 | 250 | 100 | 50).
Il giocatore utilizza uno shooter che contiene la bolla proiettile principale e la successiva disponibile. Ha inoltre accesso a una linea di puntamento composta da punti colorati che corrispondono al colore del proiettile principale. Utilizza i punti per allineare il colpo con le bolle del colore corretto nelle file. Ricevono moltiplicatori di punti combo per le rimozioni consecutive della linea. Le bolle scivolano lungo il campo di gioco. La partita termina se anche una sola scivola sotto la parte inferiore dello schermo.
Bubble Shooter Challenge 2 offre un booster laser dorato che appare dopo un numero specifico di rimozioni consecutive di righe. Il giocatore può sparare il laser attraverso tutte le bolle presenti sul campo di gioco per guadagnare punti.
Il gioco presenta anche una classifica con 50 punteggi migliori. Il gioco richiede al giocatore di aggiungere un nome utente e il proprio punteggio alla classifica.
