Water Sort Puzzle est un jeu de logique et de tri. Le joueur doit déplacer des couches de bandes liquides colorées dans des tubes à essai de type laboratoire jusqu`à ce qu`un liquide solide et coloré remplisse chaque récipient.
Le joueur ne peut déplacer qu`une seule des bandes colorées d`un tube à essai à l`autre à la fois. Le jeu leur offre deux options de transfert. Il peut trier le liquide dans un récipient vide ou le verser sur une bande dans un récipient semi-rempli dont la bande supérieure est de la même couleur. Le joueur ne peut transférer que les couleurs correspondantes dans des tubes à essai qui contiennent déjà du liquide.
Water Sort Puzzle permet au joueur d`annuler un mouvement jusqu`à cinq fois par niveau. Contrairement à d`autres jeux similaires, il ne pénalise pas le joueur et ne l`oblige pas à regarder une publicité. Mieux encore, si le joueur est bloqué et n`a plus de mouvements, il lui suffit de recharger entièrement le niveau. Le jeu ne récompense pas le joueur tant qu`il n`a pas séparé toutes les bandes de liquide en un seul récipient de couleur solide. Dans ce cas, des confettis apparaissent brièvement à l`écran.