Cubito est un jeu d`arcade, un jeu de course sans fin qui comporte des éléments similaires aux jeux de serpent. Le joueur doit diriger un serpent ou un train composé de cubes magenta sur deux pistes composées de cubes vert fluo suspendus dans une région violette semblable à l`espace. Comme dans les jeux de serpent, le joueur peut perdre des cubes de son serpent ou de son train s`il ne parvient pas à le diriger autour d`obstacles sur les pistes, notamment des murs violets et des barrières roses. Les pistes ont également des espaces courts et larges qui peuvent rendre difficile pour le joueur d`évaluer les distances et les pistes restantes dans une section. Le jeu comporte des pistes rouges inversées qui sont à la fois mortelles au toucher et qui dilatent et contractent les pistes vertes, ce qui rend l`évaluation de l`emplacement des espaces encore plus difficile. De plus, il existe des cubes de vitesse blancs avec des flèches qui font que les cubes du joueur se déplacent trop vite sur une piste.
A chaque fois que le joueur heurte un obstacle ou ne parvient pas à rester partiellement sur une piste verte, il perd des cubes magenta. Si ses cubes se heurtent à une barrière ou tombent dans un trou, il perd la partie. Il doit alors recommencer et essayer de faire mieux que son dernier meilleur score.
Cubito fournit un outil de guérison pour donner au joueur une chance de continuer sur les pistes vertes. Chaque fois que le joueur dirige les cubes à travers un cube magenta avec un cœur dessus, le serpent/train entier repousse à sa taille d`origine.