Bird Sort Puzzle est un jeu de tri qui met en scène des oiseaux et des branches au lieu de balles et d`éprouvettes de laboratoire. Le joueur est confronté à des groupes mixtes d`oiseaux colorés, dont des cockatiels, des perroquets et des toucans, qui se reposent sur des branches dans une région tropicale montagneuse. Le joueur doit classer les oiseaux par type, à raison d`un seul type par branche. Le jeu comporte des centaines de niveaux qui mettent le joueur au défi d`arranger des oiseaux compliqués.
Comme dans les jeux de tri de balles, le joueur sélectionne et déplace les oiseaux pour créer des groupes assortis. Il peut déplacer un oiseau ou plusieurs oiseaux du même type qui se reposent l`un à côté de l`autre sur une branche. Si le joueur n`a plus assez d`espace pour déplacer les oiseaux, il doit recommencer le niveau ou essayer d`utiliser plusieurs outils fournis par le jeu pour l`aider à gagner, notamment une flèche arrière qui sert de bouton d`annulation et un outil de branche avec un signe plus qui lui donne une branche vide supplémentaire.
Bird Sort Puzzle propose également un outil d`indice marqué d`une ampoule que le joueur peut utiliser avant d`être à court de mouvements. Lorsque le joueur réussit à créer tous les groupes, les oiseaux s`envolent dans des directions différentes.