Water Color Sort es un juego de clasificación. El jugador debe utilizar sus habilidades de razonamiento para determinar las mejores acciones a tomar para clasificar bandas de agua coloreada en tubos de ensayo. El juego es similar a los juegos de clasificación de bolas que utilizan bolas en lugar de agua coloreada. Cuenta con un total de 40 niveles. El jugador debe completar una tarea en un nivel para desbloquear el siguiente. El jugador solo puede transferir una banda de agua de color a un tubo vacÃo o a un tubo que contenga un color que coincida y que esté solo o encima de colores que no coincidan. Si comete un error, tiene cinco oportunidades de deshacer un movimiento anterior mediante un botón de deshacer etiquetado con una flecha que apunta hacia la izquierda y un número.
Afortunadamente, Water Color Sort también permite al jugador reiniciar un nivel si no puede deshacer su último movimiento o se queda sin opciones por completo. Para ello, basta con pulsar el botón situado en la parte superior de la pantalla, marcado con una flecha curva hacia atrás. También pueden añadir un tubo de ensayo adicional al campo de juego con un botón en la esquina superior derecha marcado con un signo más y el icono de un tubo de ensayo.
Es importante tener en cuenta que el juego aumenta el número y las tonalidades de los colores con cada nuevo nivel. El jugador debe pensar estratégicamente para descubrir la combinación correcta de movimientos necesarios para completar la tarea.