Super Onion Boy ist ein seitlich scrollender Plattformer mit einer klassischen Abenteuergeschichte und Grafiken und Sounds im Arcade-Stil. Die Hauptfigur, Super Onion Boy, muss die Prinzessin vor Feinden retten, die sie in einer magischen Blase gefangen hielten, während sie zusammen spazieren gingen. Der Spieler hilft dem Helden, eine Vielzahl von Aktionen auszuführen, um Punkte zu sammeln, Feinde während der Reise zu besiegen und Münzen, Sterne, Extraleben und Krafttränke zu sammeln.
Das Spiel bietet eine Vielzahl von natürlichen Umgebungen in 15 Levels. Das Spiel beginnt im Grünen Wald. Mit der Zeit hilft der Spieler der Spielfigur, andere Regionen zu erkunden, darunter die Krabbeninsel, den Himmelsberg, den grünen Dschungel, den Wüstenberg und den dunklen Berg. Ein Timer zählt während des Spiels herunter. Außerdem erhält die Spielfigur eine begrenzte Anzahl von Leben. Der Spieler muss ihm helfen, zu gehen, zu springen, zu hüpfen, sich fallen zu lassen und zu schweben, um Feinde zu umgehen, wegzuschlagen oder zu eliminieren, darunter Karotten, die ihn von Plattformen stoßen können, Radieschen mit Jetpacks, die aus Rohren im Boden auftauchen, und fröhliche Orangen, die wie Felsbrocken herumrollen.
Super Onion Boy gibt dem Spieler über Tränke Zugang zu Superkräften für die Titelfigur. Die Figur kann kleine Feuerbälle werfen, Blasen benutzen, um durch die Luft zu schweben, anstatt zu fallen, und einen diamantenfunkelnden Schild der Unbesiegbarkeit aufstellen.
Der Spieler steuert die Spielfigur auch, um unterirdische Höhlen zu erkunden und sich über die Rohre in andere Regionen zu teleportieren. Auch in diesen Gebieten muss er sich vor Feinden und Fallen in Acht nehmen, darunter Fledermäuse, Krabben sowie stehende und fallende Stacheln.
