Merge the Balls: Candy Factory ist ein Verschmelzungsspiel. Der Spieler verschmilzt farbige Kugeln, die sich wie Wasserballons in einem Behälter bewegen, vor einem Hintergrund, der wie das Äußere einer Süßwarenfabrik aussieht, in einer Welt, die Landschaften aus Schokolade, Muffins, Lutschern, Torten und einer Vielzahl anderer süßer Leckereien zeigt. Der Spieler fügt die Kugeln zusammen, bis der Platz knapp wird, und versucht, die höchstmögliche Punktzahl zu erreichen.
Wie bei ähnlichen Spielen lässt der Spieler eine farbige Kugel in den Behälter fallen, wo sie ein wenig hüpft, rollt und rutscht, bevor sie sich an einer Stelle niederlässt. Dann lässt er eine passende Kugel darauf fallen, so dass eine neue, größere, andersfarbige Kugel entsteht. Wenn der nächste Ball nicht passt, legen sie ihn an anderer Stelle in den Behälter.
Kugeln, die nicht zusammengelegt werden, stapeln sich mit der Zeit. Der Spieler darf nicht zulassen, dass sich die Kugeln über eine rot gestrichelte horizontale Linie am oberen Rand des Behälters stapeln. Wenn das passiert, verliert er das Spiel und muss neu beginnen.
Mischen Sie die Bälle: Candy Factory hilft dem Spieler, seine Punkte zu verfolgen, indem es die Zahl im oberen linken Bereich über dem Behälter anzeigt. Der Spieler kann das Spiel neu laden oder den Ton ausschalten, indem er die Schaltflächen im oberen rechten Bereich benutzt.