Hole Run 3D ist ein hyperaktuelles, dreidimensionales Laufspiel, das sich auf einzigartige Weise der klassischen Brick-Breaking-Mechanik nähert. Das Spiel zeigt ein wirbelndes, magisches Loch vor einem rot-weiß gestreiften Ball, der automatisch eine blaue, rosa und violette Bahn hinunterrollt, die über einem orangefarbenen Hintergrund mit Farbverlauf schwebt. Im Gegensatz zu herkömmlichen Laufspielen steuert der Spieler die Bewegung des Balls nicht. Stattdessen passt er die Position des Lochs an. Er muss kreative Strategien anwenden, um den Ball so zu bewegen, dass er einen Weg auf der Bahn durch gelbe und orangefarbene Blöcke mit unterschiedlichen Formen findet. Ihr Ziel ist es, der Kugel zu helfen, eine weiß gestrichene Ziellinie zu erreichen.
Die Luft, die Schwerkraft oder eine andere Kraft, die durch die wirbelnde Bewegung des Innenraums erzeugt wird, saugt die Blöcke schnell in das Loch, was bedeutet, dass der Spieler nur über die Positionen der einzelnen Blöcke und die Drehung der Kraft nachdenken muss. Gelingt ihm dies nicht, zerbricht die Kugel wie ein Stück zerbrochenes Porzellan. Die Scherben zeigen auf der Außenseite das Kugelmuster und auf der Innenseite eine einfarbige rote Farbe.
Hole Run 3D gibt dem Spieler die Möglichkeit, das Aussehen der Kugel zu verändern. Dafür erhält er Punkte in Form von weiß umrandeten Diamanten. Mit diesen Diamanten kann er andere Skins kaufen, darunter eine Wassermelone oder Orange und einen weißen Schneeball.