Goober Game ist ein Fusionsspiel im Suika-Stil. Die Aufgabe des Spielers ist es, eine zukünftige Belegschaft zu schaffen, die das Leben der Menschen mit Hilfe der Goober Dynamics` Goober Acceleration Technology verbessert. Der Spieler wirft die Köpfe von Goobers in einen Behälter. Sie fügen Paare von passenden Köpfen zusammen, um neue und größere Köpfe zu erschaffen.
Der Spieler muss die Physik berücksichtigen, wenn er die Köpfe in den Behälter fallen lässt. Die Köpfe können wie Steine fallen oder wackeln und in verschiedene Richtungen hüpfen. Die Qualität des Fallens hängt von der Bildwiederholrate des Spielers ab. Je höher die Rate, desto besser das Ergebnis, so der Entwickler.
Das Spiel zeigt den nächsten Kopf, der für einen Drop zur Verfügung steht, in der oberen rechten Ecke des Bildschirms an. Es zeigt den Punktestand auf einer digitalen Anzeigetafel und die höchste verfolgte Punktzahl auf einem weißen Papier darunter an.
Wie bei anderen ähnlichen Spielen endet Goober Game in dem Moment, in dem der Spieler zulässt, dass sich die Köpfe zu nahe am oberen Rand des Behälters stapeln. Das Spiel warnt den Spieler durch eine blinkende rote horizontale Warnlinie vor einem drohenden Problem.
