Water Sort Puzzle er et sorteringsspil med logik og puslespil. Spilleren skal flytte lag af farvede væskebånd i laboratorieagtige reagensglas rundt, indtil en fastfarvet væske fylder hver beholder.
Spilleren kan kun flytte et af de farvede bånd fra et reagensglas til et andet ad gangen. Spillet giver dem to overførselsmuligheder. De kan sortere væsken i en tom beholder eller hælde den oven på et bånd i en halvfyldt beholder med et topbånd i samme farve. Spilleren kan kun overføre matchende farver til reagensglas, der allerede indeholder væske.
Water Sort Puzzle giver spilleren mulighed for at fortryde et træk op til fem gange pr. niveau. I modsætning til lignende spil straffer det ikke spilleren på anden måde eller tvinger dem til at se en annonce. Endnu bedre er det, at hvis spilleren sidder fast og løber tør for træk, kan de bare genindlæse hele niveauet. På nogle baner kan man også gratis tilføje et ekstra tomt reagensglas til spillepladen.
Spillet belønner ikke spilleren, før han eller hun har adskilt alle væskebånd til ensfarvede beholdere. Når det sker, popper der kortvarigt konfettipartikler op på skærmen.