Marble Puzzle Blast er et puslespil, hvor bobler erstattes af kugler i stedet for bobler. I modsætning til klassiske bobleskydespil, der har rækker af bobler øverst på et spillefelt og en pil eller kanonskytte, har dette spil en snoet bane, som et tog af farverige kugler ruller ned mod en udgang og en regnbuefarvet sommerfugleskytte.
Spilleren fjerner kugler fra toget, hvis projektilet fuldfører en connect-3-linje. For eksempel skyder spilleren en gul kugle mod to eller flere forbundne kugler af samme farve og mønster i midten af toget. De gule kugler forsvinder, og de resterende kugler ruller baglæns på banen.
Hvis de resterende to halvdele af et tog forbindes igen med matchende kugler, forsvinder de matchende kugler også fra banen. Efter tre på hinanden følgende selvdestruerede kugler scenarier modtager spilleren en booster, f.eks. en sort bombe, der ødelægger alle kugler i dens radius, en regnbuekugle, der ødelægger alle kugler af samme farve, eller en ildkugle, der ødelægger alle kugler, den rører ved.
Med Marble Puzzle Blast kan spilleren også skyde specielle kugler, der indeholder boostere, såsom en raket, der ødelægger tilfældige kugler, en pauseknap, der stopper toget, og en omvendt pil, der vender togets bevægelse om. De kan også modtage en daglig gave, gratis startovers, ekstra point for at skyde loot bags og mønter til at købe boostere.
