Hole Run 3D er et hyperkasuelt, tredimensionelt løbespil med en unik tilgang til klassisk klodsknusningsmekanik. Spillet har et hvirvlende magisk hul foran en rød og hvid hvirvelstribet bold, der automatisk ruller ned ad en blå, pink og violet bane, der hænger over en gradient orange baggrund. I modsætning til traditionelle løbespil styrer spilleren ikke boldens bevægelse. I stedet justerer de hullets position. De skal bruge kreative strategier til at flytte den på måder, der bedst hjælper med at skabe en sti på banen gennem gule og orange blokke i forskellige former. Deres mål er at hjælpe kuglen med at nå en hvidmarkeret mållinje.
Luften, tyngdekraften eller en anden kraft, der genereres af interiørets hvirvlende bevægelse, suger hurtigt klodserne ind i hullet, hvilket betyder, at spilleren blot skal tænke på hver klods` positioner og kraftens rotation. Hvis det ikke lykkes, går kuglen i stykker som et stykke knust porcelæn. De knuste stykker viser kuglemønsteret på ydersiden og en ensfarvet rød farve på indersiden.
Hole Run 3D giver spilleren mulighed for at ændre kuglens udseende. De får point i form af hvide diamanter. Disse diamanter kan bruges til at købe andre skins, bl.a. en vandmelon eller appelsin og en hvid snebold.